授课单位:计算机与通信工程学院

课程中文名称: 基于统计推断的生物信息学

课程英文名称：Statistics inference for bioinformatics

授课内容及时间：

  本课程主要研究生物信息学中的随机模型，包括隐马尔可夫模型、连续时间马尔可夫链(泊松过程、生灭过程、聚合过程)及其在序列比对、基因预测、蛋白质网络、系统发育树重建等方面的应用。属于生物学科与计算机学科的交叉研究领域，课程具体内容如下：

5月7日（周六） 上午9:00-10:30，双序列比对，内容：序列比对的打分方法及算法，序列相似性的显著性评价，双序列比对的各种工具软件

5月11日（周三） 上午9:00-10:30，多序列比对，内容：多序列比对的定义及算法，多序列比对工具。

5月14日（周六） 上午9:00-10:30，基因组拼接，内容：DNA测序的方法，DNA序列的组装，基因组测序的策略和组装。

5月18日（周三） 上午9:00-10:30，基因预测和隐马尔可夫模型，内容：基因结构与功能的简介，核酸序列预测与鉴定，应用隐马尔可夫模型进行基因的预测。

5月21日（周六） 上午9:00-10:30，替代过程，内容：分子进化的基本概念及理论。

5月25日（周三） 上午9:00-10:30，分子进化的系统发育模型，内容：分子系统发育树的基本概念和构建方法，系统发育树的各种软件及应用。

5月28日（周六） 上午9:00-10:30，模型选择与验证，内容：统计学习与推理基础，统计模型与参数推断。

6月1日（周三） 上午9:00-10:30，合并过程和物种树估计，内容：物种树的概念，物种树的构建方法及示例。

6月4日（周六） 上午9:00-10:30，祖先重组图，内容：祖先重组图的概念及构建方法。

6月11日（周六） 上午9:00-10:30，系统发育网络，内容：系统发育网络的概念，系统发育网络构建的常用方法，系统发育网络的构建与应用。

6月18日（周六） 上午9:00-10:30，基因复制和生灭过程，内容：基因家族的概念，基因复制的概念，基因复制进化的理论。

6月25日（周六） 上午9:00-10:30，传染病传播网络，内容：传染病传播的特点、模型，传染病传播网络的构建方法及示例。

授课方式：线上教学，zoom会议，请加QQ群741349675。

授课教授：刘亮博士，佐治亚大学统计系暨生物信息研究所教授。

授课专家学术情况简介：

   刘亮教授是国际分子系统发育基因组学研究领域新型物种树方法的创始人之一；曾获2008年度国际系统生物学家协会优秀科研奖；长期担任Systematic Biology 、Bioinformatics、Journal of Mathematic Biology、Molecular Biology and Evolution、Molecular Ecology等国际知名SCI期刊的审稿人；在PNAS、Science、Systematic Biology、Molecular Biology and Evolution等国际一流期刊发表多篇高引用论文。

近三年为美国佐治亚大学研究生讲授“Statistics inference for bioinformatics”、“Computing techniques in statistics II”、“Introduction to Grant Writing”等课程，为江苏师范大学研究生讲授“Statistical phylogenetics”、“R for bioinformatics”等课程；主持美国国家科学基金、澳大利亚研究理事会基金等项目三项；2017年至今文章被引用17556次，H指数30（根据Google scholar统计）。